Shamonda-Europe : un nouveau virus bovin surveillé de près par le LDA

Apparu en France au début de l’été 2026, un nouvel orthobunyavirus baptisé « Shamonda-Europe » circule désormais dans une quarantaine de départements, dont le Jura. Transmis par des moucherons piqueurs, il touche principalement les troupeaux bovins et suscite la vigilance des éleveurs et des professionnels de santé animale. Le LDA39 fait le point sur cette émergence sanitaire et sur son implication dans le suivi analytique de la situation.

Le virus : une émergence rapide et encore à l’étude

Le virus Shamonda-Europe appartient à la famille des Peribunyaviridae, genre Orthobunyavirus. Il est proche virus de la maladie de Schmallenberg (SBV) tous deux du sérogroupe Simbu. Le virus Shamonda a été détecté pour la première fois au Nigeria dans les années 1960 et jusque-là était cantonné à l’Afrique et à l’Asie. Un virus génétiquement proche du Shamonda a fait son apparition en Europe à l’été 2026, simultanément en Allemagne et en Suisse, et en France, où les premiers foyers ont été identifiés dans l’est du pays fin juin – début juillet.

Sa transmission se fait par les moucherons piqueurs du genre Culicoides, le même vecteur que celui de la fièvre catarrhale ovine (FCO) ou de la maladie hémorragique épizootique (MHE). Aucune transmission directe significative entre animaux n’a été mise en évidence, à l’exception d’une possible transmission de la mère au fœtus pendant la gestation.

Chez les bovins, l’infection se traduit généralement par une phase aiguë discrète : fièvre, baisse transitoire de la production laitière et diarrhée, avec une guérison spontanée dans la majorité des cas. Une seconde phase, plus préoccupante, peut survenir chez les femelles gestantes infectées, avec un risque d’avortements et de malformations fœtales, à l’image de ce qui avait été observé lors de l’épizootie de Schmallenberg en 2012. Des cas ont également été signalés chez le cheval en Suisse, avec des signes neurologiques.

Point important : à ce jour, aucun élément ne suggère de risque pour l’être humain, ni pour la consommation de lait ou de viande. Le virus n’est par ailleurs soumis à aucune réglementation sanitaire particulière (pas de restriction de mouvement, pas d’abattage imposé).

L’impact pour le département du Jura

Le Jura fait partie des tout premiers départements touchés en France, aux côtés du Doubs, des deux Savoies, de l’Ain. Dès la fin juin et le début du mois de juillet, des éleveurs de la région ont constaté chez certaines de leurs vaches des diarrhées importantes, de la fièvre et des chutes de production laitière parfois marquées, de l’ordre de 50 % en moyenne selon le GDS de Bourgogne-Franche-Comté.

Ces signaux se sont accompagnés dans les semaines qui ont suivi d’une hausse sensible des avortements et des mortinatalités dans le Doubs et le Jura dès le mois de juillet, avant même que le diagnostic de laboratoire ne soit disponible pour confirmer l’implication du virus dans ces événements. Dans le Jura, le GDS a notamment enregistré une hausse très marquée des avortements, avec +130 % par rapport à 2025 en juillet et +109 % en août. À l’échelle régionale, le Doubs a également recensé 450 avortements en un mois, soit une augmentation de près de 290 % par rapport à la moyenne saisonnière .

Au 14 septembre, le virus avait été confirmé par RT-PCR dans 41 départements français, un nombre qui continue de progresser au fil des semaines. La situation reste évolutive et fait l’objet d’un suivi rapproché par les réseaux de défense sanitaire.

Le lien avec le LDA39

Depuis le 13 août, le LDA39 propose une analyse de dépistage individuel du virus Shamonda-Europe type 1. Deux génotypes circulent, le 1 dans la partie Est, sud-est et le 2 dans la partie nord-ouest de la France.
La recherche par PCR est réalisable sur plusieurs types de prélèvements : sang, organes d’avorton, écouvillon endocervical ou placenta. Mais la virémie étant très courte, la matrice sang sur EDTA est adéquate uniquement pendant l’épisode de fièvre et diarrhée, au moment du passage du virus. Sur les avortements décalés d’une à plusieurs semaines, la matrice de choix est le placenta ou les organes d’avorton (notamment l’encéphale).
Au 14 septembre, sur 127 recherches, 50 se sont révélées positives (soit près de 40%), toutes sur des prélèvements dans le cadre d’avortement.
Le déploiement de la méthode a été réalisé avec l’aide de l’ENVT (École Nationale Vétérinaire de Toulouse) et le LDA39 a adopté le tout 1er kit proposé sur le marché. L’analyse est réalisée au minimum une fois par semaine.